近年来，保护区采取“山上一化”的措施进行管理。山上“监测常态化”，保护区利用中央财政补助资金和科研院所提供的各项资金建立了以伯乐树、长苞铁杉、福建柏等珍稀树种为主的108个长期动态监测样地，20条鸟类、两爬类长期动态监测样线，80台红外相机全天候对保护区大中型哺乳动物进行监测，基本实现了保护区自然资源保护监测全覆盖。

山下采取“设施+宣传+巡护”的双强措施。“设施加强”，保护区利用项目经费，已在每个主要入口安装了视频监控系统，实时掌握进出保护区人员的动态行踪，有力提高了保护区资源保护能力；“巡护加强”，保护区除了利用“赣林通”APP在境内开展日常巡护，更是在端午、中秋、春节、乡镇逢圩等重要节日安排工作人员到主要路口对外出车辆进行排查，全年不定期到河流、沟谷排查网鱼电鱼、乱捕乱借、乱砍乱伐等现象，有效打击了保护区内的违法犯罪行为。