保护区成立于1997年，2004年江西省人民政府将其批准为省级自然保护区，2012年晋升为国家级自然保护区，2014年经县委县政府批准成立了正科级事业单位——江西齐云山国家级自然保护区管理局。内设综合办公室、规财项目基建股、资源社区管理股3个股（室），核定编制10人，下设三江口、香炉坝、赤水、新地和上十八垒5个管理站，桶江、浊水2个独立管护点，西边垇、内塘和长江3个独立哨卡。